A época 2016/2017 ainda não terminou para o PAOK da Grécia, mas para Fernando Varela está encerrou.
No passado dia 14 de Maio o PAOK recebeu e perdeu frente ao AEK no jogo da primeira ronda de qualificação para a Liga dos Campeões. Durante o jogo, Fernando Varela lesionou-se tendo abandonado o campo durante a partida.
Nesta semana o PAOK divulgou que o internacional cabo-verdiano foi submetido a uma cirurgia e que este irá parar por pelo menos três semanas, ou seja, só em Junho que ele voltará, sendo que a época 2017/2018 começa em Julho.
Varela irá também perder o jogo entre Cabo Verde e o Uganda, no dia 09 de Junho, a contar para a qualificação para o CAN 2019.
